Фамилия Войтишен — редкий пример фамилии, в основе которой лежит не славянское имя или прозвище, а западноевропейская, скорее всего немецкая, основа с восточнославянским суффиксом. Если отбросить фамильный суффикс -ен, который в украинской и белорусской традиции часто заменял русское -ов/-ев или польское -ский, мы получаем корень «Войтиш». Это, вероятнее всего, адаптированная форма немецкого имени Voit, Voigt (Фойгт) — от средневерхненемецкого «vogt» (управляющий, наместник, судебный пристав). В славянской среде это имя превращалось в Войт, Войтиш, Войтишек, а затем фамилию достраивали типичным для восточных земель суффиксом принадлежности.

Модель образования здесь та же, что и у фамилий типа Мартышен, Данильчен, Иванен — суффикс -ен указывал на сына или потомка: Войтишен — «сын Войтиша». В отличие от патронимов на -ов, которые чаще встречались в Великороссии, фамилии на -ен характерны для Украины и юго-западных регионов Беларуси. Таким образом, предок носителя этой фамилии мог быть человеком, которого звали Войтиш — либо по имени, полученному от немецкого управляющего или переселенца, либо по прозвищу, связанному с должностью войта (сельского старосты или судьи).

Стоит отметить, что в польской ономастике есть фамилия Wojtysiak (Войтысяк) — от того же корня, но с другим суффиксом. Фамилия Войтишен — её восточнославянский аналог, менее частотный. Географически она тяготеет к Гродненской и Брестской областям, а также к западным районам Украины, где исторически было сильное польское и немецкое влияние. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия могла записываться как Войтишенъ или Войтишень, а в польских документах — Wojtyszen.

По сословной принадлежности однозначного вывода нет: войтами могли быть как зажиточные крестьяне, так и мелкая шляхта. Но суффикс -ен, в отличие от -ский, чаще встречается у крестьянских и мещанских родов. Так что с большой вероятностью первый носитель фамилии был либо сыном войта (управляющего), либо человеком, чей отец носил прозвище Войтиш — возможно, за характер или за службу.