Фамилия Войчишен на первый взгляд кажется типичной славянской, но её окончание выбивается из привычного ряда. Суффикс -ен указывает на восточнославянскую, скорее всего украинскую или белорусскую, модель образования фамилий от личных имён и прозвищ. В данном случае основа — Войчиш-, которая представляет собой вариант имени Войтех или Войцех. Это старинное славянское имя, означающее «утешитель воинов» или «тот, кто утешает в бою» (от «вой» — воин и «теха» — утеха, радость). Имя было широко распространено в Польше, Чехии и на западнорусских землях, особенно после канонизации святого Войцеха (Адальберта Пражского).

Фамилия Войчишен образована по схеме, характерной для украинских и белорусских фамилий на -ен: от имени Войцех через уменьшительную форму Войчиш (Войчишко, Войчиша) с добавлением патронимического суффикса -ен, который указывает на принадлежность к роду: «сын Войчиша». То есть Войчишен — это «Войчишев сын». В польской традиции аналогичная фамилия звучала бы как Войцеховский или Войчишевский, но украинско-белорусский вариант короче и ближе к народной речи.

Географически фамилия Войчишен наиболее вероятна для запада Украины (Волынь, Галиция) или юга Беларуси (Брестчина, Гродненщина). В этих регионах имя Войцех было обычным среди католического и униатского населения, а позже перешло в православную среду. Не исключено, что предок носителя фамилии был выходцем из польской шляхты или мещан, осевшим на украинских землях, но сама фамилия — не польская, а местная, адаптированная под восточнославянское словообразование.

Написание через «и» (Войчишен, а не Войчишен) отражает мягкое произношение основы. Встречаются варианты Войчишин, Войчишон, но форма на -ен — самая редкая и специфическая. В документах XIX века такую фамилию могли записать как Войчишенко или Войчишев, но со временем окончание закрепилось в нынешнем виде. Носители фамилии — потомки людей, которых в своё время прозвали по отцу, носившему имя в честь святого воина-утешителя.