Фамилия Войчишин образована по одной из самых характерных для западных и южных славян моделей: с помощью суффикса -ин, который в польском, украинском и белорусском языках часто приобретает форму -ишин или -ичин. В этой модели суффикс указывает на принадлежность: Войчишин буквально означает «сын Войчиши» или «потомок Войчиши». Сама основа — Войчиша — это уменьшительно-ласкательная или обиходная форма от имени Войтех (чешское Vojtěch, польское Wojciech). Это древнее славянское имя, составленное из корней voj- («воин») и těch- («утеха, радость»), то есть «утешение войска» или «радость воинов». Имя Войтех было популярно в Польше, Чехии и на западе Украины, особенно после канонизации святого Войтеха (Адальберта Пражского).

Поэтому фамилия Войчишин — типично западноукраинская или польская. Наибольшее число её носителей встречается в исторических регионах Галичины и Волыни, а также среди потомков переселенцев из этих земель. В польском языке фамилия часто записывается как Wojciszyn, а в украинском — Войчишин. В русском языке она сохранила исходное звучание, хотя по правилам русской орфографии её могли бы писать как Войчишин (через «и» после шипящего — это нормально для заимствованных фамилий).

Словообразовательная модель с суффиксом -ишин / -ичин встречается в фамилиях типа Павлючишин (от Павлюк), Стецишин (от Стецько), Гаврилишин. Все они указывают на прямое родство: предка звали Войчиша, а его дети получили прозвище Войчишины. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые часто фиксировали принадлежность отцу (Иванов — сын Ивана), западнославянские и украинские фамилии на -ин могли закрепляться уже как родовые, передаваясь по мужской линии.

Версия о происхождении от прозвища Вой (от «война, воин») менее убедительна, потому что суффикс -чиша в таком случае необъясним: от основы «Вой» обычной формой было бы Войко или Войтко, а не Войчиша. Кроме того, имя Войтех дало множество производных: Войтек, Войцех, Войтусь, Войчиша — последнее как раз и стало основой для фамилии.

Таким образом, носитель фамилии Войчишин с высокой вероятностью происходит из семьи, где предка звали Войтех (в обиходе — Войчиша). Это мог быть крестьянин, ремесленник или мелкий шляхтич из западных областей Украины или юго-восточной Польши. Фамилия не содержит указания на сословие, но её географическая привязка и модель образования говорят о том, что она возникла в среде, где польский и украинский языки и культуры переплетались веками.