Фамилия Войчишена — редкий пример, где хорошо видна работа сразу двух суффиксов, и оба редкие. Если разобрать её по косточкам, получится такая цепочка: корень вой- (от «вой» или «воин»), суффикс -ч- (уменьшительный или прозвищный), затем -иш- (усилительно-увеличительный) и окончание -ена. Самая близкая параллель — фамилия Войчишин, но с другим окончанием.

Основа, скорее всего, восходит к старому славянскому имени или прозвищу Войко или Войча — от «вой» в значении «воин, ратник». В древнерусском языке «вой» означало именно воина, дружинника. Уменьшительная форма Войча (через суффикс -ч-) дала прозвище Войчиш, а уже от него — фамилию Войчишена. Суффикс -иш- в прозвищах часто придавал оттенок либо ласкательности, либо, наоборот, ироничного увеличения («большой Войча»). То есть предок мог быть заметным воином, либо его так в шутку прозвали за боевой нрав.

Окончание -ена — это белорусская или западнорусская (смоленская, псковская) особенность. В русском языке фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Войчишин), а окончание -ена встречается в белорусском диалектном словообразовании. Поэтому географически фамилия Войчишена почти наверняка имеет корни на территории современной Беларуси или в прилегающих областях России, где смешивались белорусские и великорусские говоры.

Встречается фамилия крайне редко. В открытых источниках и базах данных — единичные носители, преимущественно в Витебской и Минской областях. В сословном смысле это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: такие модели с цепочкой суффиксов обычно возникали в среде, где не было строгой фиксации по дворянским родословным книгам, а прозвище передавалось «на слух» через поколения.

Другие версии (например, от литовского vaišė — «угощение» или польского woj — «крик») маловероятны: суффиксальная конструкция слишком характерна для восточнославянского прозвищного гнезда. Так что главное, что можно сказать о фамилии Войчишена: её носитель — потомок человека, которого в своё время выделили как «своего» воина, причём прозвище успело обрасти двумя уменьшительно-увеличительными суффиксами, прежде чем стать фамилией.