Фамилия Войтышена — один из тех редких случаев, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве основной и передавалась по наследству. В русской традиции окончание -а обычно указывает на принадлежность женщине (жена Войтыша), но в некоторых регионах, особенно на стыке с белорусскими и польскими говорами, фамилии на -ена, -ина могли фиксироваться в документах как неизменяемые родовые прозвания.

Основа фамилии — Войтыш. Это производное от имени Войтех (чешское Vojtěch, польское Wojciech). В славянской антропонимике имя Войтех означает «утешитель войска» или «воин, который утешает» (от основ voj- «воин» и těch- «утеха, радость»). В польской и западнорусской традиции имя давали в честь святого Войцеха (Адальберта Пражского), покровителя Польши и Чехии.

Суффикс -ыш в основе указывает на уменьшительно-ласкательную или патронимическую форму: Войтыш — это «маленький Войтех» или «сын Войтеха». Такая модель словообразования типична для западнославянских и части восточнославянских говоров (сравните: Станислав — Станиш, Болеслав — Болеш). Фамилия Войтышена, таким образом, буквально означает «принадлежащая Войтышу» или «из рода Войтышей».

Географически фамилия тяготеет к западным областям — Брестчина, Гродненщина, а также к югу Литвы и востоку Польши. Встречаемость в России крайне низкая, что делает фамилию хорошим маркером западнославянских или балто-славянских корней. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Войтышена сохранила архаичную форму, которая в XIX веке могла записываться как Войтышина или Войтышенко (под влиянием украинской канцелярии), но исходный вариант удержался именно в женском роде.

Если искать однокоренные параллели, то в Польше распространена фамилия Войтышек (Wojtaszek), а в Беларуси — Войтышко. Все они восходят к одному имени-первоисточнику. Социально предки носителей фамилии скорее всего были крестьянами или мещанами — шляхта обычно фиксировала полную форму имени (Войтехович, Войцеховский), а уменьшительные прозвища чаще оставались в непривилегированных сословиях.