Фамилия Войтышин напрямую указывает на имя предка: в её основе лежит Войтыша — уменьшительно-ласкательная форма имени Войтех (в польском произношении — Войцех). Это имя пришло из чешского языка, и его смысл необычен для славянских имён: оно означает «тот, кто приносит утешение и силу войску». Имя было популярно у поляков, а также встречалось у украинцев и белорусов, поэтому географически фамилия скорее всего привязана к западнорусским землям или бывшим территориям Речи Посполитой.

Модель образования здесь типичная для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — «Войтышин» значит «сын Войтыши»). Если бы фамилия формировалась по польской модели, она звучала бы как Войтышевич или Войцеховский, но именно форма на -ин выдаёт русскую или белорусскую среду, где имя переделали в ласкательный вариант и закрепили в родовом прозвище.

В отличие от многих фамилий, где корень угадывается с трудом, здесь прозрачная связь с воинским делом: предок мог быть воином или просто носить «говорящее» имя, которое в старину давали с пожеланием силы и утешения для дружины. Войтыша — не частый вариант в современных списках, поэтому фамилия остаётся относительно редкой, но её этимология хорошо восстанавливается без спорных гипотез.