Фамилия Войтышина — женская форма мужской фамилии Войтышин. Её основа восходит к украинскому или белорусскому прозвищу Войтыша. Это, в свою очередь, производное от слова «війт» (войт) — так в Речи Посполитой называли выборного главу сельской общины или городского судью. Суффикс -ыш- в основе указывает на принадлежность или свойство: Войтыша — буквально «человек войта», его подчинённый или сын. Таким образом, предок носительницы фамилии мог быть либо самим войтом, либо состоять при нём на службе.

Окончание -ин (в мужском варианте Войтышин) — типичный восточнославянский патронимический суффикс, отвечающий на вопрос «чей?». Он закрепился в фамилиях на украинских и белорусских землях, где модель образования на -ин была распространена не меньше, чем на -ов. В отличие от великорусских фамилий, где суффикс -ин чаще давали от основ на -а/-я, здесь он присоединился к уже готовому прозвищу Войтыша.

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и юго-западным белорусским регионам — бывшим территориям Галиции, Волыни и Полесья. Именно там институт войтов просуществовал дольше всего, вплоть до XIX века, и местные жители хорошо помнили эту должность. Войтышины могли быть потомками сельских старост или писарей, работавших при войте.

Редкая черта этой фамилии — сохранение старого украинского корня с мягким «т» (войт, а не вайт или воит). В современных фамилиях на -шин (Войтышин, а не Войтович) видна архаичная словообразовательная модель, которая в центральных русских говорах почти вытеснена фамилиями на -ов.