Фамилия Войтышенко образована от имени Войтыш, которое является уменьшительно-ласкательным вариантом мужского имени Войтех (Войцех). Оно имеет чешское происхождение и переводится на русский язык как «тот, кто приносит утешение и силу войску». Это имя также нередко встречается среди поляков, украинцев и белорусов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Войтыш, со временем получил фамилию Войтышенко.