Фамилия Войтышин (в форме множественного числа — Войтышины) отталкивается не от прозвища или ремесла, а от личного имени. В её основе лежит западнославянское имя Войтех (польское Войцех), которое в бытовой, домашней речи приобрело уменьшительно-ласкательную форму — Войтыша. Так на Руси называли выходца из чешских или польских земель, либо человека, крещённого в честь святого Войтеха (известного также как святой Адальберт Пражский). Само имя Войтех в переводе со старочешского означает «тот, кто приносит утешение и силу войску», что указывает на воинскую или оборонительную семантику, хотя к моменту закрепления фамилии это значение уже стерлось и воспринималось просто как личное имя.

Фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ин. Вопрос о том, кем был первый носитель фамилии, решается просто: Войтышин — это «чей?» — сын или потомок Войтыши. Такая модель типична для центральных и северных областей России, куда фамилии с суффиксом -ин пришли из новгородских и московских земель. Однако географию бытования фамилии сужает её основа: имя Войтех широко распространено у поляков, чехов, словаков, а также у украинцев и белорусов. Поэтому Войтышины — это, скорее всего, потомки переселенцев с западнославянских территорий, которые обрусели, но сохранили родовое имя в качестве фамильного знака.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и не вызывает споров: от имени Войтыша через суффикс -ин. Редкость фамилии связана не со сложностью корня, а с тем, что само имя Войтех в русской крестьянской среде не было массовым — оно оставалось маркером либо католического происхождения, либо тесных контактов с Польшей и Чехией. Войтышины — это не случайный осколок чужой традиции, а живое свидетельство того, как славянские имена переходили границы государств и языков, оседая в русских фамилиях.