Фамилия Войтишин — это отчество второго порядка, то есть она отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «сын Войтиши». Исходное личное имя или прозвище Войтиша образовано от слова «войт». Войтом на землях Речи Посполитой, в Малороссии и в западных русских землях называли выборного сельского старосту или городского голову. Слово пришло из немецкого языка (нем. Vogt — управляющий, наместник) через польское посредничество.

Таким образом, прозвище Войтиша — типичное профессиональное именование: так могли назвать человека, который исполнял обязанности войта, или же того, кто находился у войта в услужении. Суффикс -иш- в основе (Войтиша) — это не уменьшительная, а скорее уничижительная или, наоборот, фамильярно-бытовая форма, характерная для народной речи. По той же модели образованы, например, прозвища Демиша (от Дема, Дементий) или Кузьмиша.

Фамилия Войтишин закрепилась в форме притяжательного прилагательного с суффиксом -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность конкретному лицу: «чей сын?» — Войтишин. В украинской и белорусской традиции та же основа могла дать фамилии Войтишко, Войтович, Войтенко. Географически фамилия Войтишин тяготеет к западным и юго-западным регионам бывшей Российской империи — местам, где институт войта был распространён исторически.

О точном времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс закрепления наследственных фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий и завершился в большинстве регионов лишь к концу XIX века. Однако сама словообразовательная модель и корень указывают на то, что предки носителей фамилии жили в зоне польско-литовского культурного влияния и, скорее всего, имели отношение к сельскому или городскому самоуправлению.