Фамилия Войтишина — женская форма, а её мужской вариант — Войтишин. Сразу бросается в глаза редкость суффикса: -ин в этой фамилии крепится не к основе на -а/-я, а к основе Войтиш-. Такая модель встречается реже, чем привычные -ов/-ев, и указывает на прозвище или имя, оканчивающееся на мягкий согласный или шипящий.

В основе лежит имя Войтиша. Это уменьшительная форма от древнерусского нецерковного имени Войт (или Войтислав). Имя Войт в старину означало «военачальник», «предводитель войска» или «староста» (от польского wójt, восходящего к немецкому Vogt — «управляющий», «наместник»). Войтиша — ласковое прозвище сына или младшего родственника такого человека: «маленький Войт» или «Войтович». Таким образом, Войтишин — буквально «чей-то сын Войтиши».

Географически фамилия тяготеет к западнорусским землям, особенно к Беларуси и Смоленщине, где влияние польского языка и административной терминологии было сильным. Войты, как выборные сельские старосты, встречались в Великом княжестве Литовском и Речи Посполитой, и их потомки нередко получали прозвища по должности предка. Войтишин — не отчество от крестильного имени, а прозвищная фамилия, отражающая социальный статус или военную роль родоначальника.

Сравните с однокоренными фамилиями: Войтов, Войтехов, Войтиков. Войтишин стоит особняком — суффикс -ин здесь указывает на прямое родство по мужской линии, но через уменьшительное имя, что делает фамилию более личной, почти домашней. Это не «сын Войта», а «сын Войтиши» — то есть прозвище закрепилось за конкретным человеком, а не за должностью.

В документах фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер. Носительницы фамилии Войтишина могут с высокой вероятностью проследить свои корни до запада России или востока Беларуси, где в XVI–XVII веках жили Войтиши — потомки сельских старост или мелких служилых людей.