Фамилия Вожжоа звучит необычно для русского уха и с высокой вероятностью не является исконно русской. Её структура резко выбивается из привычных моделей на -ов, -ин или -ский. В русской ономастике почти нет фамилий с таким финальным сочетанием гласных «оа», что сразу указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, это фамилия, пришедшая из языков народов Кавказа, Закавказья или, возможно, из греческого ареала.

Если разбирать возможную основу, то корень «вожж» напоминает русское слово «вожжи» (часть упряжи), но для образования фамилии в русской среде к нему добавили бы суффикс, например, Вожжов или Вожжин. Финаль «-оа» характерна для некоторых абхазских, грузинских или мегрельских фамилий, где она может быть вариантом окончания, указывающего на принадлежность к роду или местности. В таком случае фамилия могла быть записана на слух при переезде носителя в русскоязычную среду, и её первоначальная форма исказилась. Например, грузинская фамилия, оканчивающаяся на -уа или -иа, могла трансформироваться в Вожжоа.

Другая версия — искусственное происхождение. В XIX — начале XX века, особенно среди духовенства, было принято давать «благозвучные» фамилии из латинских или греческих корней. Однако Вожжоа не похожа на семинарские фамилии (типа Сперанский или Любомудров). Скорее, это редкий случай, когда фамилия могла возникнуть при оформлении документов у людей, не имевших фамилии ранее (например, у крестьян после отмены крепостного права или у представителей малых народов). Писарь мог записать прозвище или имя отца на слух, добавив характерное для данной местности окончание.

Поскольку фамилия крайне редкая, её география, скорее всего, точечная. Вероятно, все её носители в России являются потомками одного человека или небольшой группы переселенцев. Точное значение слова «вожжоа» в каком-либо известном языке установить сложно — это может быть искажённое имя, топоним (название села или реки) или прозвище, связанное с родом занятий. С уверенностью можно сказать лишь одно: перед нами яркий пример нерусской по происхождению фамилии, которая обрусела графически, но сохранила свою уникальную форму.