Фамилия Врачинская — женская форма, образованная от мужской Врачинский. В основе лежит топоним: Врача или Врачино. Таких названий в восточнославянских землях немного, но одно из самых известных — сербский город Вране, а также село Врача в Болгарии. Однако носители фамилии Врачинская в России и Украине, скорее всего, ведут род из местности с похожим названием — например, из бывших польских или литовских земель, где встречались деревни Враче, Врачи. Суффикс -ский (-ская) указывает на дворянское или шляхетское происхождение: такую фамилию получали владельцы поместья или выходцы из села, носившего название Врача. В польской ономастике фамилии на -ский закрепились за шляхтой, но позже распространились и среди крестьян, переселившихся в другие регионы.

Корень «врач» в этой фамилии не имеет прямого отношения к медицине. Древнерусское слово «врачь» означало «колдун, знахарь», но в топонимах оно могло указывать на место, где жил человек с таким прозвищем, или на географический объект, связанный с поворотами реки (от «врать» — вращать, крутить). Второй вариант менее вероятен: для фамилии Врачинская характерна привязка к населённому пункту, а не к рельефу.

Встречается фамилия преимущественно в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Беларуси, Украины и восточной Польши. В метрических книгах XIX века Врачинские фиксировались как православные или католики, что подтверждает их происхождение из пограничных земель, где смешивались культуры. Среди носителей фамилии не было известных дворянских родов, внесённых в родословные книги, — это указывает на мелкопоместную шляхту или однодворцев, которые после разделов Речи Посполитой перешли в податное сословие.

Ударение в фамилии — на втором слоге: Вра́чинская. Вариант Врачи́нская встречается реже и может быть связан с украинской или белорусской произносительной нормой.