Фамилия Выгодер — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль о другом языке-источнике. Чаще всего такие фамилии встречаются среди еврейского населения Восточной Европы, и Выгодер — не исключение. Основа здесь — идиш или немецкий: «выгод» (от идиш וויגאָד, wigod) или немецкое Wohltat, что переводится как «благо», «польза», «выгода». Суффикс -ер (в идише -ער) указывает на принадлежность к чему-либо или занятие. Таким образом, Выгодер — это «тот, кто приносит выгоду» или «человек, связанный с благом».

Вероятнее всего, фамилия была прозвищной или профессиональной. Её могли дать предприимчивому торговцу, удачливому посреднику или человеку, который славился умением заключать выгодные сделки. В среде ашкеназских евреев фамилии часто возникали в конце XVIII — XIX веке в ходе обязательной паспортизации в Российской империи и Австро-Венгрии. Чиновники нередко записывали прозвища буквально, и «Выгодер» могло закрепиться за главой семьи, которого в общине называли «выгодным человеком» — не обязательно в денежном смысле, но и как полезного, удачливого члена общины.

Менее правдоподобная, но встречающаяся в любительских версиях гипотеза — связь с польским или украинским словом «выгода» в значении «удобство» или «доход». Однако суффикс -ер для славянских фамилий нетипичен, а для идиша — стандартен, поэтому первая версия убедительнее. Встречается также вариант написания «Выгодэр» или «Выгоддер» — это следы разного произношения в диалектах идиша.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к западным губерниям Российской империи — Волынской, Подольской, Киевской, а также к Царству Польскому. После миграций конца XIX — начала XX века носители фамилии оказались в США, Израиле и Аргентине. В современной России Выгодер — фамилия штучная, её обладателей можно пересчитать по пальцам, что делает каждый случай её бытования уникальным.

Однокоренные фамилии — Выгодский, Выгодов, Выгодный — имеют разную природу: Выгодский, скорее всего, топонимическая (от местечка Выгода), а Выгодов — чисто русская патронимическая модель от прозвища Выгода. Выгодер же стоит особняком, и его разбор — хороший пример того, как язык и социальный статус предков оставляют след в одной фамилии.