Фамилия Выгоднер — яркий пример того, как прозвище, данное человеку по его занятию или месту в обществе, закрепилось в виде наследственного именования. В её основе лежит, скорее всего, слово «выгода» или, что вероятнее, профессиональное обозначение — «выгодник». Так в разных говорах могли называть человека, умеющего извлекать пользу из любого дела, удачливого торговца или предприимчивого хозяйственника. Суффикс -ер в конце фамилии — нехарактерный для исконно русской модели словообразования. Он выдаёт западное, скорее всего, немецкое или идишское влияние, что указывает на ашкеназское еврейское происхождение фамилии.

В языках идиш и немецком суффикс -er часто обозначает деятеля (ср. нем. Lehrer — учитель, Arbeiter — рабочий). Таким образом, Выгоднер — это «тот, кто занимается выгодой», то есть делец, посредник, арендатор или управляющий, умеющий вести дела с прибылью. Фамилия образовалась на территории черты оседлости Российской империи (современные Украина, Беларусь, Молдова, Польша) в XVIII–XIX веках, когда еврейскому населению предписывалось брать фамилии, и многие из них строились по понятной местным чиновникам или соседям-немцам модели: основа (часто славянская) плюс немецкий суффикс.

Встречается и более прямолинейная версия: фамилия могла быть искусственно составлена из корня «выгод» и окончания -нер, по аналогии с фамилиями вроде Шнайдер (портной) или Фишер (рыбак). В этом случае она сразу указывала на род занятий первого носителя — возможно, он был откупщиком, содержателем почтовой станции или владельцем небольшого заводика, то есть человеком, чей доход напрямую зависел от умения считать выгоду.

Географически фамилия тяготеет к западным губерниям: Волынской, Подольской, Киевской, а также к Царству Польскому. Встречаются варианты написания: Выгоднер, Выгодняр, иногда Выгоднер-Островский (двойные фамилии были нередки у еврейских семей, желавших подчеркнуть связь с конкретным местечком). Родственная фамилия — Выгодский, но она образована уже от географического названия (Выгода, Выгодка) и не несёт указания на род занятий.

Сегодня фамилия редкая. В России и странах бывшего СССР её носители — это в основном потомки тех самых предприимчивых людей, которые в XIX веке получили прозвище по своему делу. Никакого «выгодного» или «невыгодного» оттенка фамилия не несёт: это просто профессиональная характеристика предка, такая же, как Кузнецов или Мельников, только записанная по западноевропейской модели.