Фамилия Выгодина — редкий случай, когда суффикс сразу выдаёт историю. Она образована по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Выгодин». Это значит, что в основе лежит личное имя или прозвище Выгода, а сама фамилия буквально означала «сын Выгоды» или «человек из семьи Выгоды». Такая модель типична для центральной и северной России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов на юге.

Корень — слово выгода. В старом русском языке у него было более широкое значение, чем сегодняшняя «польза» или «прибыль». Выгодой называли удачу, сподручный случай, ловкое стечение обстоятельств. Прозвище Выгода могли дать человеку удачливому, расторопному, умеющему извлечь пользу из любой ситуации, или же, напротив, иронично — тому, кто вечно ищет лёгкой наживы. Встречается и другая версия: в некоторых говорах «выгода» означала «выгон», пастбище, и прозвище могло относиться к пастуху или владельцу такого угодья.

Самый известный носитель фамилии в истории — Иван Выгодин, дьяк при московском дворе в конце XVI века, упоминаемый в разрядных книгах. Это подтверждает, что фамилия бытовала среди служилых людей уже в допетровскую эпоху. Встречается она и в старообрядческой среде: например, в XVIII веке на Выге (река в Карелии) существовало знаменитое Выговское общежительство, и фамилия Выгодин могла возникнуть как топонимическая — от названия реки или местности. Но это скорее совпадение: топоним Выг (река) и слово выгода — разного происхождения.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку: чаще всего её фиксировали в Архангельской, Вологодской и Вятской губерниях. Встречается она и у поморов, что косвенно поддерживает версию о связи с рекой Выг — но лишь как вариант, а не основное объяснение. Социальный состав носителей был пёстрым: от государственных крестьян до купцов и мещан.

Сравните с однокоренными фамилиями: Выгодский (с суффиксом -ский, указывающим на дворянское или географическое происхождение) и Выгодчиков (профессиональное, от «выгодчик» — человек, ищущий выгоду). Выгодина стоит особняком: это чисто русская, «отческая» форма, без искусственного облагораживания суффиксом. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были выходцами из северных или центральных областей России, а родоначальник носил прозвище, связанное с удачей или хозяйственной сметкой.