Фамилия Вышегородцев — редкий случай, когда географическая привязка очевидна и почти бесспорна. Её основа — прозвище Вышегородец, которое давали человеку, жившему в Вышегороде или выходцу оттуда. Это не вымышленный топоним: Вышегород — исторический пригород Пскова, известный с рубежа XIV–XV веков. Он стоял на границе с Новгородской землёй и выполнял роль надёжной крепости. В конце XVI века Вышегород перестаёт упоминаться как город — вероятно, он пришёл в упадок или утратил крепостное значение.

Модель образования фамилии проста и прозрачна: суффикс -ев присоединился к основе Вышегородц-, дав на выходе Вышегородцев. В русской ономастике такие фамилии называют «топонимическими» — они указывают на место, откуда родом предок. По той же схеме возникли Тверитинов, Москвин, Ростовцев, но Вышегородцев выделяется тем, что его исходный топоним — не крупный центр, а локальный, почти забытый пригород.

Интересно, что в самом названии Вышегород слышится «высокий город» — крепость на возвышении. Для XV–XVI веков это типичное оборонительное имя. Носитель прозвища Вышегородец мог быть либо переселенцем из этого псковского пригорода, либо человеком, который долго там жил и получил прозвище по месту жительства. Со временем, когда Вышегород исчез с карт, фамилия осталась единственным напоминанием о нём.

Фамилия нечастая, и её география, скорее всего, связана с северо-западом России — Псковской, Новгородской, возможно, Тверской областями. Встречаются варианты написания с одной «с» (Вышегородец), но форма на -цев — стандартная для фамилий, образованных от прозвищ на -ец.