Фамилия Выскребцов образована от личного имени или прозвища Выскребец. В её основе лежит слово «выскребки» — так в старину называли остатки теста, каши или другой еды, которые соскребали со стенок и дна посуды. Имя Выскребец давали ребёнку по той же логике, что имена Найдён, Ждан или Неждан: считалось, что если в семье дети рождаются один за другим, то последнего можно назвать «поскребышем», то есть тем, кто «выскреблен» из остатков. Такие имена-обереги не несли негативного смысла, а, наоборот, должны были защитить младенца от злых сил — считалось, что «пустое» имя обманет нечисть.

Возможна и другая версия: прозвище Выскребец могли дать человеку за привычку подъедать остатки с чужих тарелок или за бережливость, доходящую до скупости. В этом случае прозвище отражало не столько реальное поведение, сколько характерную черту, по которой человека запоминали в деревенской общине.

Наконец, нельзя исключать и профессиональную подоплёку. Глагол «выскребать» означал «чистить скребком, выскабливать». Выскребцом могли прозвать того, кто занимался чисткой чего-либо — например, бочар, выскабливавший внутренности бочек, или работник на мельнице, соскребавший остатки зерна. В любом случае суффикс -ец указывает на лицо по действию или свойству, а фамилия на -ов — на принадлежность: Выскребцов буквально означает «сын Выскребца».

Фамилия встречается преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение из среды крестьянского или посадского населения, где мирские имена и прозвища были особенно распространены до XVIII века.