Основой фамилии Выскребцов послужило мирское имя Выскребец. Имя Выскребец, возможно, этимологически связано со славянским нарицательным «выскребки», то есть «поскребышки, остатки еды или на дне или стенках посуды». Также поскребышками называется все то, что на исходе, что подходит к концу. Возможно, имя Выскребец имело обрядовый характер. К подобным именованиям может относиться и имя Выскребец. По другой версии, именование Выскребец представляет собой прозвище, которое указывало на привычки предка — обыкновение подъедать остатки. Прозвище Выскребец может происходить и непосредственно от глагола «выскребать» — «отделять, вынимать, чистить скребя, скобля». В этом случае оно относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: основатель рода Выскребцовых мог заниматься чисткой, обработкой чего-либо. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Выскребец, со временем получил фамилию Выскребцов.