Фамилия Выскребов образована от личного имени или прозвища Выскреб. В основе, скорее всего, лежит слово «выскребки» — так в старину называли остатки еды, соскобленные со стенок посуды, или вообще всё, что на исходе, последние крохи. Имя Выскреб могли дать по обрядовой традиции: считалось, что «малое» имя (как, например, Некрас или Нелюб) отводит от ребёнка злые силы и привлекает к нему изобилие. Ребёнок растёт, а имя-оберег остаётся.

Есть и другое объяснение. Прозвище Выскреб могло закрепиться за человеком по привычке — подъедать остатки, не брезговать тем, что осталось. В крестьянском быту такая черта не обязательно осуждалась, скорее, метко подмечалась. Наконец, возможна и профессиональная версия. Глагол «выскребать» означает «чистить скребя, скобля». В этом случае Выскребом могли прозвать того, кто занимался чисткой — например, выскабливал лодки, деревянную утварь или кожу. Такая работа была распространена в среде ремесленников и крестьян, и прозвище переходило в фамилию без изменений.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Выскреба). Фамилия Выскребов не относится к числу дворянских или книжных, она бытовала в крестьянской и мещанской среде, особенно в центральных и северных губерниях России. Встречаются варианты написания с одной «с» (Выскребов) — это связано с произношением, а не с разным значением. Сравните с однокоренными фамилиями: Выскребенцев, Выскребцев, Поскребышев — все они восходят к тому же кругу бытовых понятий и прозвищ.