Фамилия Выскребенцова образована от прозвища Выскребенец, которое, в свою очередь, восходит к глаголу «выскребывать» — «отделять, вынимать, чистить скребя, скобля». Основатель рода, скорее всего, занимался чисткой или обработкой чего-либо: мог быть кожевником, скоблившим шкуры, или, к примеру, бондарем, выскабливавшим внутреннюю поверхность бочек. Прозвище закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии.

Формант -ец в основе Выскребенец указывает на лицо по действию или предмету (ср. «кузнец», «жнец»), а суффикс -ов- в окончательном варианте фамилии — типичный русский патронимический суффикс, означающий «принадлежащий», «сын». Таким образом, Выскребенцов — буквально «сын Выскребенца».

Фамилия довольно редкая и имеет ярко выраженную профессиональную окраску. В отличие от более распространённых «ремесленных» фамилий вроде Кузнецов или Плотников, Выскребенцов сохранила связь с конкретным, узким действием — выскабливанием. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии были не просто ремесленниками, а мастерами, чья работа требовала тщательной и тонкой обработки поверхности.