Фамилия Выскребенцев образована от прозвища Выскребенец. Скорее всего, оно ведет свое начало от глагола «выскребывать» — «отделять, вынимать, чистить скребя, скобля». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Выскребенцевых занимался чисткой, обработкой чего-либо. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Выскребенец, со временем получил фамилию Выскребенцев.