Фамилия Выскребцева образована от прозвища Выскребец. В основе лежит глагол «выскребывать» — «отделять, вынимать, чистить скребя, скобля». Так могли прозвать человека, который занимался чисткой или грубой обработкой чего-либо: например, скребницей чистил лошадей, выскабливал деревянную посуду или соскабливал наледь.

Фамилия держится на суффиксе -ец, который в русских прозвищах часто указывал на человека по действию или орудию (ср. Кузнец, Ткач, Стрелец). Выскребец — не ремесленное название вроде «чистильщика», а скорее уличное прозвище, данное за привычку или обязанность: от крестьянской работы до армейской (чистка оружия, конской сбруи). Форма Выскребцева — женский вариант фамилии, а мужская — Выскребцев.

По модели образования фамилия типична для северных и центральных областей России: прозвища на -ец давали в XV–XVII веках, а затем к ним приращивали патронимический суффикс -ев. В отличие от фамилий на -ин или -ов, здесь суффикс указывает не на прямую принадлежность отцу, а на «сына Выскребца» — то есть на семейное прозвище, которое закрепилось за родом.

Встречаются однокоренные фамилии: Выскребов, Выскребенцев, Выскребышев. Все они восходят к тому же глаголу, но различаются суффиксами и диалектными окончаниями. Выскребцева — одна из самых редких в этой группе: она не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов, а значит, её носители почти наверняка были крестьянами или посадскими людьми.

Точных сведений о географии фамилии в открытых источниках мало. Можно предположить, что она бытовала в Вологодской, Архангельской или Костромской губерниях — там, где глагол «выскребывать» встречался в бытовой речи и где фамилии на -ец сохранялись дольше.