Фамилия Высоченков образована от прозвища или нецерковного имени Высокий, Высота, Высочан, а точнее — от его краткой формы Высоч. В русской ономастике это пример фамилии, возникшей не от топонима или профессии, а от внешней характеристики человека. Основа «высок-» прямо указывает на рост: предка могли прозвать Высочкой или Высочаном за высокий рост, долговязость. Суффикс -енков — уменьшительно-патронимический, типичный для южнорусских и украинских земель: он означает «сын Высочка» или «потомок Высокого». Такая модель (-енко → -енков) характерна для фамилий, которые пришли из украинской среды в великорусскую и получили русское окончание -ов при адаптации. То есть изначально фамилия могла звучать как Высоченко, а после переселения семьи или переписи населения превратилась в Высоченков.

Географически фамилия тяготеет к югу России — к Курской, Белгородской, Воронежской областям, а также к бывшим слобожанским землям, где смешивались русские и украинские говоры. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, родоначальник жил в одном селе или хуторе, и фамилия не получила широкого распространения. В отличие от более частых Высоцких или Высоких, Высоченков сохранила редкий суффикс, который сразу выдает её «сыновью» природу.

Исследователь русских фамилий Б.О. Унбегаун в своей работе «Русские фамилии» отмечал, что суффикс -енков типичен для восточноукраинского ареала и часто переходил в русскую фамильную систему без изменений. Поэтому Высоченков — это не фамилия дворянского или духовного сословия, а крестьянская, мещанская или казачья. Предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми простого звания, которых в документах записали по внешнему признаку — росту. Никаких сложных этимологических споров здесь нет: корень прозрачен, суффикс однозначен, и альтернативные версии (например, связь с топонимом Высочка или Высочки) маловероятны, так как такие названия сами образованы от того же прилагательного.