Фамилия Ягинов — одна из тех, чья основа лежит не на поверхности. На первый взгляд в ней угадывается что-то знакомое, но прямой и единственной версии её происхождения нет. Разберёмся по порядку.

Ключ к фамилии — в суффиксе -ин. В русской модели образования фамилий этот суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Ягинов значит «сын Ягина» или «человек из рода Ягина». Сама же основа Ягин — это краткая форма от личного имени или прозвища.

Самая вероятная версия связывает Ягинова с каноническим именем Яков (древнееврейское «идущий по пятам»). В разговорной речи имя Яков давало множество производных: Яша, Яшка, Якуш, а также Яга. Форма «Яга» как уменьшительное от Якова встречается в старых документах, например, у С. Б. Веселовского в «Ономастиконе» упоминается крестьянин Яга (XV век). От этого «Яга» через притяжательное прилагательное «Ягин» (сын Яги) и пошла фамилия. Такая модель типична: Иванов от Ивана, Петров от Петра, Ягинов от Яги.

Вторая, менее распространённая гипотеза, выводит фамилию от прозвища Яга. В русских говорах «яга» — не только сказочная баба, но и сварливая, бранчливая женщина, а также (в диалектах) беспокойный человек или даже вид лесной нечисти. Однако прозвище «Яга» для мужчины — случай редкий и скорее исключительный, поэтому версия с именем Яков выглядит гораздо убедительнее. Связь с одноимённым персонажем фольклора — красивая, но лингвистически слабая догадка.

Географически фамилия Ягинов встречается нечасто, что говорит о её относительной редкости. Основные очаги — центральные и северные регионы России, где имя Яков было особенно популярно в крестьянской среде. Встречаются Ягиновы и среди старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные формы имён.

Таким образом, перед нами типичная «отчество в чистом виде»: предок носителя фамилии, скорее всего, был обычным человеком, которого в быту звали Яга, то есть попросту Яков. Никакой мистики, только живая история русского имени.