Фамилия Ячинов — редкий пример, где за привычным русским окончанием скрывается нерусская основа. Она образована по стандартной модели с суффиксом -ов, который в данном случае присоединился к основе Ячин. Это типичный патроним (отчество), отвечающий на вопрос «чей?»: сын Ячина.

Ключ к происхождению лежит в основе Яч-. Скорее всего, это усечённая форма крестильного имени Иакинф (в просторечии — Акинф, Якинф). В русской народной традиции такие сокращения были обычны: Иакинф превращался сначала в Якина, а затем в Ячина. Имя Иакинф имеет греческие корни и означает «гиацинт» (цветок или драгоценный камень). Таким образом, Ячинов — потомок человека по имени Ячин (домашняя форма от Иакинфа).

Есть и другая, менее вероятная версия, связанная с тюркскими языками. В татарском и башкирском языках слово «ячин» может означать «близкий», «родной». Если фамилия действительно восходит к этому корню, то её носителями могли быть выходцы из татарской или башкирской среды, принявшие православие и получившие фамилию по прозвищу. Однако первая версия (от Иакинфа) надёжнее, так как хорошо вписывается в общую картину русских фамилий на -ов, образованных от канонических имён.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью — её фиксируют в Чувашии, Татарстане, Ульяновской и Самарской областях. Это косвенно подтверждает обе версии: и крестьянскую (с именем Иакинф), и тюркскую (с прозвищем «ячин»). Сословно Ячиновы, скорее всего, были государственными крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не значится.

Особенность фамилии ещё и в том, что она не путается с однокоренными Ячменёв или Ячников (от слова «ячмень»). Корень здесь другой, и ударение в фамилии обычно падает на первый слог: Я́чинов.