Фамилия Ягинова — женская форма мужской фамилии Ягинов. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу, и здесь мы сталкиваемся с редким случаем, когда корень фамилии не очевиден и вызывает споры. В русских фамилиях суффикс -ов указывает на принадлежность: Ягинов буквально значит «сын Ягина» или «человек из рода Ягина». Вопрос в том, что скрывается за именем или прозвищем Яга.

Самая прямая и правдоподобная версия отсылает к имени Яга — уменьшительной или разговорной форме от канонического имени Яков (церковное Иаков). В народе Якова часто называли Яшей, Ягой или Ягуней. Такое стяжение встречается в диалектах: например, в псковских и новгородских говорах «Яга» как форма имени Яков фиксируется этнографами. Тогда фамилия Ягинов — типичный пример патронима, образованного от обиходного варианта крестильного имени.

Вторая версия, более спорная, связывает фамилию с прозвищем Яга. В славянской мифологии Яга — персонаж сказок, но в реальной жизни это слово имело и бытовое значение. В некоторых русских говорах «яга» означала «ведьма», «злая, сварливая женщина» или «неопрятная старуха». Мужское прозвище Яга могли дать человеку с нелюдимым, ворчливым характером или неряшливому внешне. Однако в качестве прозвища для мужчины это слово встречается редко, и такая версия менее убедительна: скорее, прозвище Яга давали женщинам, а фамилия от него образовывалась бы через суффикс -ин (Ягин).

География фамилии подсказывает её северное происхождение. Фамилия Ягинов (и Ягинова) встречается преимущественно в Вологодской, Архангельской областях и в Поволжье — регионах, где были сильны новгородские диалекты, сохранявшие формы вроде «Яга» вместо «Яша». В переписных книгах XVII века по Вологодскому уезду упоминаются крестьяне Ягины, что подтверждает давнюю укоренённость фамилии именно на Русском Севере.

Таким образом, скорее всего, предок носительницы фамилии Ягинова был крестьянином или посадским человеком, которого в быту звали Яга — сокращение от Яков. Фамилия недворянская, образована по самой массовой модели «имя + -ов», и её редкость объясняется тем, что форма Яга как производное от Якова со временем вышла из употребления, уступив место более привычному Яша.