Фамилия Ягницын — одна из тех, где разбор упирается в неочевидный корень. На слух она напоминает «ягнёнка» или «ягницу» (самку ягнёнка), но в русских фамилиях такое прямое «животноводческое» прозвище встречается редко, и обычно оно давалось не по роду занятий, а по внешности или характеру. Скорее всего, прозвище Ягница получил человек кроткий, тихий или, наоборот, маленький и кудрявый — как ягнёнок. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ягницын, то есть сын или потомок Ягницы.

Однако есть и вторая, более прозаичная версия. В некоторых говорах «ягница» — не овца, а вид растения или даже название местности. В псковских и новгородских диалектах так могли называть заросли мелкого кустарника или ягодника. Тогда Ягницын — это человек, живший у такого места, или выходец из деревни с похожим названием. География фамилии это подтверждает: основная масса Ягницыных исторически зафиксирована на северо-западе России, в Вологодской и Архангельской губерниях, где диалектная лексика богата такими «растительными» прозвищами.

В сословном плане Ягницыны — почти наверняка крестьянский род. Фамилия не дворянская, не купеческая, и в дореволюционных справочниках знатных родов не значится. Суффикс -ин, а не -ов, типичен для фамилий, образованных от слов женского рода (сравните: Козин, Строганов — от мужского «Строган», а Ягницын — от «ягница»). Это дополнительный штрих: прозвище могло быть дано женщине (например, тихой и спокойной матери семейства), а потом закрепилось за детьми как родовое имя.

В написании фамилия устойчива: вариант через «ы» (Ягницын, а не Ягницин) — единственно верный по правилам русской орфографии после ц. Встречаются единичные описки в метрических книгах XIX века, где писали «Ягницин», но это ошибки писаря, а не отдельная ветвь.