Фамилия Ягода образована от аналогичного прозвища, которое ведет свое начало от нарицательного «ягода» со значением «небольшой сочный плод кустарниковых или травянистых растений». Вероятно, прозвище Ягода относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности основателя фамилии: он мог заниматься сбором ягод на продажу, либо изготовлением из них различных сладостей — пирогов, варенья и т.п. Веселовского зафиксировано прозвище: Ягода Иван (конец XV века, Новгород).