Фамилия Ягодницин — редкий случай, когда в основе лежит не название ягоды, а конкретное профессиональное прозвище. В отличие от распространённых Ягодкиных или Ягодниковых, здесь работает суффикс -цин, а не -ов или -ин, что сразу указывает на особую модель образования. Если разобрать слово по составу, то корень «ягод-», суффикс «-ниц-» и окончание «-ин» дают понять: прозвище «Ягодница» когда-то принадлежало женщине, а фамилию получил уже её сын или муж. Такие «материнские» фамилии (метронимы) встречаются реже отчества, но в северных и центральных русских говорах они бытовали вполне естественно.

Прозвище «Ягодница» могло означать женщину, которая промышляла сбором и продажей ягод — на Руси это был обычный сезонный заработок для крестьянок. В некоторых диалектах «ягодницей» называли и любительницу полакомиться ягодами, но скорее всего, речь идёт именно о ремесле. Второй, менее вероятный вариант — прозвище по характеру или внешности, но для него нет устойчивой традиции в ономастике. Таким образом, предок носителя фамилии Ягодницин был «ягодницыным сыном» — то есть сыном женщины, известной в округе как Ягодница.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России: её фиксировали в переписях Вятской губернии и в некоторых районах Архангельской области. В метрических книгах XIX века встречаются единичные записи о крестьянах Ягоднициных, но фамилия так и не стала массовой. Если сравнивать её с однокоренными — Ягодников, Ягодкин, Ягодин, — то Ягодницин стоит особняком: суффикс -ниц- и окончание -ин делают её самой редкой в этом ряду. В современной России она сохранилась в основном у нескольких семей, разбросанных по разным регионам, что только подтверждает её локальное происхождение.