Фамилия Ягодныцына — одна из тех, чья форма сразу выдает её происхождение. Перед нами не стандартная модель на -ов/-ев или -ин, а редкий патронимический суффикс -ыцын (в женском роде — -ыцына). Такие фамилии образовывались от прозвищ или имен, оканчивающихся на -ыца, и были распространены в основном в северных и центральных говорах России, а также в среде крестьянства, где притяжательная форма «чей?» была естественным способом назвать семью.

Мужская основа фамилии — Ягодныцын, то есть «сын Ягодницы». А вот кто такая «Ягодница»? Тут возможны два основных толкования. Первое, самое прямое: женщина, которая собирает, продаёт или любит ягоды. В русских говорах «ягодница» — это и торговка ягодами, и просто любительница полакомиться. Второе, не менее вероятное: прозвище Ягодница могли дать человеку с румяным, «ягодным» лицом, либо сладкоежке. Важно, что в данном случае прозвище относилось к женщине — матери или жене, от которой пошло имя семьи. Это типичная ситуация для фамилий на -ицын/-ыцын: они фиксировали матриархальную линию, когда глава семьи был известен под женским прозвищем.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с такими редкими формами, как Улицын, Голицын, Синицын. Однако если Синицын образован от птицы, то Ягодныцын — от конкретного человеческого прозвища, связанного с бытом и промыслом. Географически фамилия тяготеет к регионам бывшего Новгородского и Вологодского наречий, где суффикс -ыца был продуктивен в прозвищах, а ягодный промысел — частью хозяйства.

Встречается написание через «о» — Ягодноцына, но это скорее описка или диалектное произношение: корень «ягод-» здесь бесспорен. Спорных версий, связывающих фамилию с польским или украинским влиянием, нет — основа чисто русская, просторечная. Носительница фамилии Ягодныцына может с высокой вероятностью считать своими предками крестьян или посадских людей из северной или центральной России, где женщина по прозвищу Ягодница оставила след в родовом имени.