Фамилия Яготинец — редкий случай, когда географическое прозвище почти наверняка перевешивает все остальные версии. Перед нами типичный представитель западноукраинской и белорусской модели фамилий на -ец, которая указывает на выходца из определённого места. В данном случае — из населённого пункта с корнем Ягот-.

Самый правдоподобный вариант — село Яготин. Таких на карте несколько, но самое известное — райцентр в Киевской области Украины (бывш. Полтавская губерния). Жителя Яготина в местной традиции называли яготинец. Со временем это прозвище закрепилось за ним и его потомками как фамилия. Модель образования проста и прозрачна: топоним (Яготин) + суффикс принадлежности или происхождения (-ец). Аналогично тому, как появились фамилии Полтавец, Лубенец или Миргородец.

Версия с прозвищем от некоего «ягота» (ягода?) выглядит слабее. Слово «ягота» в русских говорах не фиксируется как личное имя или прозвище, а суффикс -инец для отыменных фамилий нехарактерен. Скорее всего, это народная этимология, которая возникает от созвучия, но не выдерживает проверки словообразованием.

Интересно, что фамилия Яготинец почти не встречается за пределами Украины и юга Беларуси. Это не случайность: она плотно привязана к конкретному региону и не успела «разойтись» по всей империи, как, скажем, Иванов или Смирнов. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки крестьян или казаков из окрестностей Яготина, которые при переписях и ревизиях получили фамилию по месту жительства. Дворянского происхождения здесь ждать не стоит: такие «географические» фамилии на -ец обычно давали простым людям, чтобы отличить одного Ивана от другого — Иван-яготинец, то есть пришлый из Яготина.