Фамилия Якомий — редкий случай, когда географическая привязка оказывается почти единственным ключом к разгадке. В русском языке нет ни слова «якомий», ни очевидного корня, который объяснил бы прозвище. Зато в украинском и белорусском именослове есть форма Яким — народный вариант канонического имени Иоаким. Фамилия Якомий, скорее всего, образована от этой основы, но не по стандартной модели с суффиксом -ов или -енко, а через редкий для восточных славян суффикс -ий.

Такая модель (основа + -ий) типична для польской ономастики: например, Бжеский, Замойский. В украинской традиции она тоже встречается, но реже и часто указывает на шляхетское происхождение или на то, что фамилию давали по названию села или местечка. Если Якомий — это украинская или польская фамилия, её можно понять как «сын Якома» (где Яком — диалектная форма имени) или как прозвище человека, связанного с местом, названным в честь Якима. Однако наиболее вероятно, что перед нами полонизированная форма: Якомий — это вариант фамилии Якимович, но записанный без суффикса -ович, а с окончанием -ий по польскому образцу.

Вторая, менее очевидная версия отталкивается от диалектного глагола «якомить» — в некоторых говорах так могли называть жадного или придирчивого человека. Но эта гипотеза слабая: глагол плохо зафиксирован в словарях, и фамилия на -ий от такой основы — большая редкость. Поэтому первая версия — от имени Яким (Иоаким) — выглядит правдоподобнее. Носитель фамилии Якомий, скорее всего, происходил из западнорусских земель (Беларусь или Украина), где польское влияние смешивалось с местными говорами, и его предок носил имя Яким или прозвище, образованное от него.