Фамилия Якона — редкий пример, когда привычная модель с суффиксами -ов/-ин не сработала. В русской традиции фамилии на -а (Якона, Шило, Вешняк, Кузьма) обычно оставляли без изменений, если их давали женщине по мужу или если основа оканчивалась на -а, -я. Но здесь скорее всего перед нами застывшая форма прозвища или имени, которая не перешла в притяжательный падеж.

Самая прямая версия — происхождение от канонического имени Яков. В разговорной речи имя Яков часто сокращали до Яко, Якуня, Яконя. Суффикс -оня (Яконя) характерен для ласкательных форм в северных и сибирских говорах: Яконя — «маленький Яков». Фамилия могла закрепиться как Якона, если носитель был из тех мест, где окончание -а воспринималось как мужское (сравните: Вася, Петя, Кузьма). По этой модели образованы фамилии Федя, Гриша, Мина — все они без дополнительных суффиксов.

Есть и менее очевидный вариант: прозвище Якона могло возникнуть от глагола «якать» (говорить «я» вместо правильного звука) или от слова «як» — так в некоторых диалектах называли быка-производителя. Но это слабая гипотеза, так как в русском языке прозвища от глаголов обычно давали в форме повелительного наклонения (Ячи, Держи) или с суффиксом -л (Якало), а не в виде чистой основы.

География фамилии подсказывает, что Якона встречается в основном на Русском Севере — в Архангельской, Вологодской областях и в Карелии. Это совпадает с северной традицией сохранять окончание -а в мужских фамилиях. В центральных и южных регионах России такую форму почти не встретишь: там предпочли бы Яковлев или Яконов.

Таким образом, носитель фамилии Якона, скорее всего, потомок человека, которого в быту звали уменьшительным Яконя от имени Яков. Предки могли быть крестьянами или посадскими людьми из северных уездов, где имя Яков было одним из самых распространённых среди простого населения.