Фамилия Яколина — редкий пример, где суффикс -ин указывает на принадлежность к женскому имени, а не к мужскому. Чаще всего фамилии на -ин образованы от мужских имён и прозвищ (Иван — Иванов, но Иванин — уже от женского), но здесь основа — женское имя Яколина, которое встречается в южнославянской и западнорусской традиции. Это уменьшительная форма от имени Яков (через Якова → Яколина), реже — от имени Яким (Иоаким). Модель проста: суффикс -ин означает «чей?», то есть «дочь или жена Яколины», а в закреплённом виде — потомок этой женщины.

Географически фамилия тяготеет к югу России и украинско-белорусскому пограничью, где женские формы имён в быту были распространены шире, чем в северных говорах. В некоторых регионах «Яколина» могла быть не именем, а прозвищем — так называли женщину, связанную с Яковом (например, его жену или дочь), и это прозвище перешло детям уже как фамилия. Сословной привязки нет: фамилия встречалась и у крестьян, и у мещан, но из-за редкости не попала в массовые списки дворянства.

Интересная деталь: в польской ономастике существует фамилия Jakolina, и она могла попасть в русский язык через католическое влияние. В таком случае основа — не просто Яков, а латинизированное Jacobina, женская форма от Jacobus. Русская адаптация убрала звук «б» и смягчила окончание, что дало «Яколина». Это один из тех случаев, когда фамилия хранит след межъязыкового контакта, а не только местного говора.

Написание с буквой «ё» (Яколина) не встречается — ударение, скорее всего, на второй слог: Яко́лина. Если верить редким записям XIX века, носители фамилии жили в Воронежской и Харьковской губерниях, но массовых переселений не было, поэтому фамилия осталась локальной.