Фамилия Яковер — редкий случай, когда внешне «русский» суффикс -ер оказывается вовсе не русским, а скорее немецким или идишским. В русском языке суффикс -ер не образует фамилий от личных имён (мы не говорим «Иванер» или «Петрер»), зато он типичен для ашкеназских еврейских фамилий, где часто означает профессию или занятие. Поэтому первая и главная версия: Яковер — это вариант фамилии Якобер, образованной от имени Яков (Якоб) с добавлением суффикса -ер, который в идише указывает на «тот, кто имеет отношение к Якову» или «сын Якова». По той же модели возникли фамилии Абрамер, Ицковер, Берковер.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с немецким словом Jäger — «охотник». В этом случае Яковер могло быть искажённым написанием фамилии Ягер или Якоб-Ягер, но такое объяснение требует допущения, что фамилию русифицировали, переставив звуки, — а это встречается реже, чем прямая патронимическая модель.

Географически фамилия Яковер встречается в основном в бывшей черте оседлости (Украина, Беларусь, южные регионы России) и среди потомков эмигрантов в США и Израиле. В дореволюционных метрических книгах её почти нет — она могла быть вариантом записи более распространённой фамилии Якобсон или Яковлев, но с характерным немецко-еврейским окончанием.

Интересная деталь: в русских говорах слово «яковер» не зафиксировано ни как прозвище, ни как нарицательное. Это дополнительный аргумент в пользу того, что корень фамилии — личное имя, а не диалектное слово. Если ваши предки носили фамилию Яковер, скорее всего, они были еврейскими ремесленниками или торговцами, а сама фамилия указывала на отца по имени Яков — без привязки к сословию или территории.