Фамилия Якубель — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение напрямую связано с западнославянскими и балтийскими языками, и в этом её главная особенность. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, -ев или -ин, она сохранила бессуффиксную форму, что указывает на её позднее закрепление или иноязычное происхождение носителя.

Основа фамилии — личное имя Якуб, белорусский, польский и чешский вариант библейского Иаков (Яков). В православной традиции это имя давали в честь ветхозаветного праотца, но в западнорусских землях, находившихся под влиянием католичества и униатства, форма «Якуб» была не менее распространена. К этой основе добавился суффикс -ель, который в славянских языках часто образует уменьшительные или прозвищные формы (ср. польск. Jakubel — «маленький Якуб», «Якубёнок»). Таким образом, Якубель — это не «чей-то сын» (как Якубов), а скорее прозвище или фамилия, данная по имени отца в уменьшительной форме, что характерно для польской и белорусской моделей фамилеобразования.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам современной Беларуси (Гродненская, Брестская области) и востоку Польши. Встречается она и у украинцев Волыни. В великорусских губерниях Якубель — явление единичное, принесённое переселенцами или ссыльными. В документах XIX века такие фамилии часто фиксировались у мещан и крестьян-католиков, реже — у православных, но с оговоркой «из поляков» или «из литвинов».

С точки зрения словообразования, фамилия Якубель стоит в одном ряду с такими же «западными» фамилиями, как Янукель, Петрукель, Михалюк. Все они образованы по модели, где суффикс -ель или -ук указывает на конкретное лицо, а не на род. В русской среде подобная форма могла восприниматься на слух как нерусская, что иногда приводило к её русификации: в метрических книгах можно встретить варианты Якубелев или Якубельский, но исходная форма удержалась.

Искать прямую связь фамилии с каким-либо ремеслом или прозвищем не стоит — это чистый патроним, то есть фамилия по отцу. Предок носителя, вероятно, был крестьянином или ремесленником из западных губерний Российской империи, носившим имя Якуб. Фамилия не имеет отношения к еврейским фамилиям на -ель (вроде Гринберг или Рабинович), хотя по звучанию может вызывать такие ассоциации — её корень однозначно христианский, славянский.