Фамилия Якубецкий — типичный пример того, как географическое имя превратилось в наследственное. Её основа — название населённого пункта с корнем «Якуб-» (Якубовичи, Якубово, Якубовице). Таких сёл и деревень немало в Польше, Беларуси и на западе Украины. Суффикс -ецк- (в русской передаче часто -цк-) указывает на принадлежность к месту: «тот, кто родом из Якубовиц» или «выходец из Якубова». По той же модели образованы фамилии Баранецкий, Гродецкий, Острожецкий.

Первичное значение фамилии — не «сын Якуба», а «помещик или житель имения Якубовичи». В шляхетской среде Речи Посполитой такие фамилии на -ский/-цкий закреплялись за дворянами, владевшими одноимёнными поместьями. Однако постепенно, особенно после разделов Польши и перехода крестьян к постоянным фамилиям, прозвище «Якубецкий» могли дать и простому человеку, который перебрался в другое село из деревни Якубовичи. Поэтому сословная привязка здесь не жёсткая: носитель мог быть как обедневшим шляхтичем, так и крестьянином-однодворцем.

Само имя Якуб — польская и западнорусская форма библейского Иаков (Jakub). В православной среде чаще использовали форму Яков, а Якуб оставалась характерной для католических и униатских регионов. Это косвенно указывает на западное происхождение фамилии: скорее всего, её первые носители жили на землях современной Западной Беларуси, Подляшья или Малой Польши. Встречается и украинский вариант Якубецький, но в русском языке он закрепился через польское написание Jakubecki.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила архаичный суффикс -ецк-, который в русском языке часто упрощался до -ск- (ср. Якубский). Разница в одну букву — и перед нами другой тип фамилии: если Якубский мог означать просто «сын Якуба», то Якубецкий почти всегда отсылает к топониму. В документах XIX века встречается двоякое написание: через «е» (Якубецкий) и через «и» (Якубицкий), что объясняется разными диалектными произношениями того самого названия деревни.

Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая. Её носители живут в основном в Беларуси, Польше и среди потомков эмигрантов в США и Канаде. В России она встречается точечно, чаще всего на юге и в центральных областях, куда в XIX веке переселялись выходцы из западных губерний.