Фамилия Якубень — редкий пример того, как восточное имя прижилось в белорусской и украинской языковой среде, сохранив при этом свою исходную форму почти без изменений. В основе лежит каноническое имя Якуб — западнославянский и литовский вариант библейского Иаков (Яков). В белорусском языке форма Якуб была распространена шире, чем в русском, и фамилии от неё образовывались по местным моделям.

Главная особенность фамилии — суффикс -ень. В восточнославянской ономастике он встречается нечасто и обычно указывает на уменьшительно-ласкательное или патронимическое значение: Якубень буквально означает «маленький Якуб» или «сын Якуба». Такие фамилии характерны для западных регионов — современной Беларуси, а также для Полесья и Волыни, где польское и литовское влияние смешивалось с местными говорами. В русских землях аналогичная фамилия звучала бы как Якубов или Якушин, а форма на -ень выдаёт именно западнорусское происхождение.

Существует и вторая, менее вероятная версия: прозвище могло пойти от диалектного слова «якуб» или «якуба» — так в некоторых говорах называли человека с хитрым, изворотливым нравом, намекая на библейского Иакова, который обманом получил благословение отца. Однако эта гипотеза слабая: имя Якуб в народе не ассоциировалось с отрицательными чертами, и фамилия почти наверняка образована от крестильного имени, а не от прозвища.

Встречается фамилия в основном в Беларуси и на приграничных территориях Украины и Польши. В России она редка и часто фиксируется у потомков переселенцев из западных губерний. Интересно, что в польском языке существует аналогичная фамилия Jakubień с тем же суффиксом, что подтверждает общую славянскую природу образования. Носители фамилии Якубень, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды — дворянские роды с таким окончанием почти не встречаются, поскольку суффикс -ень типичен для народной, а не шляхетской традиции.