Фамилия Якубонис — одна из тех, что сразу выдают литовское происхождение. Её выдает суффикс -онис, который в литовской ономастике выполняет ту же роль, что и русские -ов или -ин: он указывает на принадлежность, сыновство или родство. Буквально Якубонис означает «сын Якуба» или «потомок Якуба». Это типичная патронимическая фамилия, образованная от крестильного имени Якуб — литовской и польской формы библейского Иаков (Яков).

В Литве фамилии с этим суффиксом массово закрепились в XVI–XVIII веках, когда крестьяне получили постоянные родовые прозвания. Якубонис — форма мужского рода; женский вариант будет Якубонене (для замужней) или Якубоните (для незамужней). Такое окончание характерно для северной и центральной Литвы, особенно для Жемайтии и Аукштайтии.

Основа Якуб в Литве была распространена благодаря католической традиции. В польском и белорусском языках это имя тоже встречается, но фамилия с суффиксом -онис — почти стопроцентный маркер литовского происхождения. Если вы встретили Якубониса в России, скорее всего, предки были литовцами или выходцами из исторической Литвы (включая Виленскую, Ковенскую губернии), которые переселились вглубь империи в XIX — начале XX века.

Интересно, что в официальных документах Российской империи фамилию могли русифицировать: Якубонис нередко записывали как Якубович или Якубов. Но исходная форма сохранилась именно в литовской среде. В современной Литве фамилия Якубонис не редкая, но и не массовая — её носят несколько сотен человек, в основном в Каунасе и окрестностях.