Фамилия Якутонис — редкий для России случай литовской фамилии, адаптированной под русскую грамматику. Её основа — личное имя Якут, которое в Литве и соседних регионах было краткой формой от имени Якуб (польская и литовская версия библейского Иаков). Суффикс -онис — типичный литовский патронимический показатель, указывающий на происхождение от отца: Якутонис буквально значит «сын Якута» или «потомок Якута». Таким образом, первый носитель фамилии был сыном человека по имени Якут.

В русской среде фамилия сохранила литовское окончание, не переделанное в стандартное -ов или -ин, что говорит о позднем закреплении фамилии в документах — скорее всего, во второй половине XIX века, когда перепись населения фиксировала фамилии в том виде, в каком их произносили сами носители. Географически Якутонис чаще всего встречается в западных регионах России — в Калининградской, Псковской областях, а также в Литве и Латвии. Это указывает на прибалтийское происхождение рода: предки были крестьянами или мещанами из исторической Жемайтии или Аукштайтии.

Интересная деталь: в литовском языке ударение в фамилии может падать на первый или второй слог в зависимости от диалекта, но в русском произношении обычно закрепляется на втором слоге — Якуто́нис. Сравнение с однокоренными фамилиями — Якутас, Якутенас, Якутскис — показывает, что модель на -онис была самой распространённой в северо-восточной Литве. Социальный контекст простой: это фамилия крестьянского или ремесленного сословия, без дворянских приставок и гербов. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, что типично для массы литовских фамилий, перешедших в русский обиход через миграцию XIX — начала XX века.