Фамилия Якубоваар настолько редкая, что в существующих ономастических словарях, включая фундаментальные работы Б. Унбегауна и В. Никонова, она не зафиксирована. Это не случайность: её структура нехарактерна для русской модели фамилеобразования. В русском языке нет суффикса -оваар. Окончание -ов типично для русских фамилий (Иванов, Петров), а вот -аар — это совершенно другой пласт. Скорее всего, перед нами фамилия не русского, а тюркского или кавказского происхождения, записанная кириллицей.

Наиболее правдоподобная версия — это вариант фамилии Якубов, к которой добавился формант -ар. В тюркских языках, особенно в азербайджанском или крымскотатарском, суффикс -ар может указывать на принадлежность или профессию. Основа Якуб — это арабское имя Якуб (библейский Иаков), широко распространённое у мусульманских народов. Таким образом, Якубоваар могла означать «сын Якуба» или «человек, связанный с Якубом». Двойное окончание (-ов + -ар) могло возникнуть при адаптации фамилии в русскоязычной среде, когда к уже русифицированной форме Якубов добавили местный родовой показатель.

Другая, менее вероятная версия — искусственное происхождение. Фамилия могла быть образована в советское время при смене документов или в результате ошибки писаря, который слитно записал имя, отчество и национальный суффикс. Встретить носителей такой фамилии можно в регионах со смешанным русско-тюркским населением: в Поволжье, на Северном Кавказе или в Закавказье. Точное значение слова «оваар» в русском языке отсутствует, поэтому единственная рабочая гипотеза — это сложная гибридная форма, где корень восходит к библейскому имени, а оформление — к тюркской родовой традиции.