Фамилия Якуши — одна из тех, что сразу выдают своё происхождение, но не спешите записывать её в простые. Если посмотреть на окончание, сразу бросается в глаза суффикс -и, который в русских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин. В данном случае это типичный суффикс родительного падежа множественного числа, характерный для фамилий северных и центральных областей России, особенно для Ярославской, Вологодской и Архангельской губерний. Такая модель образования означает «из семьи Якушей» или «принадлежащий Якушам» — то есть фамилия закрепилась за целым родом, а не за одним человеком.

Основа фамилии — Якуш, уменьшительная форма от канонического имени Иаков (в русском обиходе — Яков). Суффикс -уш- в народной речи придавал имени ласкательный, бытовой оттенок. Якушами в деревнях называли не только Яковов, но и любого человека, которого по какой-то причине прозвали в честь этого имени — например, за схожесть характера с библейским Иаковом или просто по старшинству в роду. Таким образом, первый носитель фамилии был, скорее всего, сыном или внуком человека по имени Якуш, и прозвище закрепилось за всей его семьёй.

Интересно, что в некоторых говорах слово «якуш» могло иметь и самостоятельное значение — так в рязанских и тамбовских диалектах называли человека с крупной, «якушистой» головой или с копной густых волос. Но эта версия менее вероятна: фамилии от прозвищ по внешности обычно образуются через суффикс -ов (Якушов), а форма на -и указывает именно на коллективное родовое прозвище.

В дореволюционных переписях фамилия Якуши встречается нечасто и локально. Основные очаги — юг Вологодской области и север Костромской, где фамилии на -их/-ых (Якуши, Якушкины, Якушевы) соседствуют друг с другом. В XIX веке носители фамилии числились преимущественно государственными крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что неудивительно: модель на -и характерна для простонародной среды, где фамилии складывались естественным путём, без участия канцелярий.

Сравните с однокоренными фамилиями: Якушев — более распространённый вариант от той же основы, но с патронимическим суффиксом -ев; Якушин — от формы Якуша, но с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность одному конкретному человеку. Якуши же остались единственной формой, сохранившей память о целом роде, а не об одном предке.