Основой фамилии Якушков послужило церковное имя Якушко. Имя Якушко является уменьшительной формой имени Яков (Иаков), которое переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Согласно другой версии фамилия Якушков образована от прозвища Якушко, основой для которого послужило диалектное слово «якуш» – так в некоторых говорах называли плотника-резчика, который делал украшения на избы и суда. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якушко, со временем получил фамилию Якушков.