Фамилия Якушка — редкий пример, когда написание почти полностью совпадает с исходным прозвищем или именем, а суффикс отсутствует. В подавляющем большинстве русских фамилий есть формант -ов, -ев, -ин или -ский, но здесь мы видим чистую основу. С точки зрения словообразования, Якушка — это усечённая форма от имени Яков, точнее, его народно-разговорного варианта Якуш. Суффикс -к- в данном случае не фамильный, а уменьшительно-ласкательный: так в быту называли человека по имени Яков — Якуша, Якушка. Фамилия просто застыла в этой форме и передалась потомкам без изменений.

В ономастике такие фамилии относят к «полуотчествам» или «прозвищным»: они фиксировали не отца, а самого носителя. Если бы фамилия образовывалась по стандартной модели, мы бы получили Якушкин (чей? — сын Якушки). Но раз мы видим Якушка, значит, предка звали именно так — либо в документах записали прозвище, либо фамилию дали по имени самого первопоселенца. Встречается это в основном у крестьян и посадских людей, у которых фамилии закреплялись позже и часто прямо по обиходному имени.

Географически фамилия Якушка не привязана к одной области. Она рассеяна тонкой сеткой: встречается на юге России, в Белгородской и Воронежской областях, а также на Украине и в Беларуси. Это указывает на то, что имя Якуш было распространено в западнорусских и малороссийских говорах. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такая модель упоминается как характерная для украинской и белорусской антропонимии, где фамилии на -ко, -ка встречаются чаще, чем в великорусских землях. Поэтому не исключено, что Якушка — украинизированная или белорусская версия, а не чисто русская.

Спорных версий здесь немного. Иногда Якушку связывают с тюркским корнем «якут» или «якуш» в значении «близкий, родной», но это натяжка: фонетически близко, а исторически маловероятно. Имя Яков было одним из самых популярных в православной среде, и его производные — Яша, Якуня, Якуш — фиксируются в писцовых книгах XVI–XVII веков. Так что самая надёжная версия — от имени Яков через форму Якуш.