Основой фамилии Якушкова послужило церковное имя Якушко. Имя Якушко является уменьшительной формой имени Яков (Иаков), которое переводится с древнееврейского как «второй по рождению». Скорее всего, основатель рода Якушковых был человеком из простого сословия. Согласно другой версии фамилия Якушкова образована от прозвища Якушко, основой для которого послужило диалектное слово «якуш» – так в некоторых говорах называли плотника-резчика, который делал украшения на избы и суда. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Якушко, со временем получил фамилию Якушков.