Фамилия Ялушкин образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность лицу, названному в основе. В данном случае основа — прозвище или неканоническое имя Ялушка. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени или прозвища Ял. Что скрывается за этим корнем — главный вопрос.

Самая вероятная версия связывает Ял с диалектным словом «ялый» — так в некоторых говорах называли ретивого, горячего или бойкого человека. В псковских и тверских говорах «яла» означала «крикун» или «задира». Тогда Ялушка — это прозвище человека с живым, беспокойным нравом, а Ялушкин — его сын или потомок. Такие прозвища были распространены в крестьянской среде, где меткое слово закреплялось за человеком и переходило в фамилию.

Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом: река Ялва в Пермском крае или озеро Ялпуг на юге Украины. Однако для фамилии на -ин, типичной для центральных и северных губерний, такая топонимическая версия слаба — обычно от географических названий образовывали фамилии на -ский. Исключения редки и требуют документального подтверждения, которого по Ялушкину нет.

Словообразовательная модель проста: корень «ял-», суффикс субъективной оценки «-ушк-» (как в Петрушка, Ванюшка) и фамильный суффикс «-ин». Это типичная «патронимическая» фамилия, то есть отчество, застывшее в родовом имени. Встречается она преимущественно в центральных областях России — в документах XIX века Ялушкины фиксируются в Рязанской и Тамбовской губерниях, что косвенно подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «ялый» было в ходу.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия не упоминается, что говорит о её относительной редкости. По той же модели образованы фамилии Яловкин, Яловегин, но Ялушкин стоит особняком из-за уменьшительного суффикса, придающего прозвищу оттенок ласковости или иронии. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был человеком заметным, с характером — либо бойким крикуном, либо просто Ялушкой, как звали в семье.