Фамилия Ямушкин — наглядный пример того, как прозвище, данное по месту жительства или роду занятий, превратилось в родовое имя. Её основа — слово «яма», но не в современном бытовом смысле, а в более специальном, профессиональном. В центральных и южных губерниях России «ямушками» называли небольшие ямы, а также людей, которые при ямах жили или работали. Чаще всего так могли прозвать ямщика — возчика на почтовых или гужевых трактах, ведь «ям» в старорусском языке — это почтовая станция, а «ямушка» — уменьшительное от этого понятия. Выходит, что первый носитель фамилии с большой вероятностью был либо содержателем постоялого двора при яме, либо самим ямщиком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ямушкин — это «сын Ямушки» или «человек из семьи Ямушки». Само прозвище Ямушка могло закрепиться за человеком, жившим в низине, у оврага, или, напротив, за тем, кто копал ямы — например, для хранения зерна, для строительства погребов или для добычи глины. В некоторых говорах «ямушка» — это и ласковое обращение к ямщику, и одновременно прозвище нерасторопного, «ямчатого» человека, который ходит медленно, словно проваливается.

Географически фамилия Ямушкин редкая, но встречается в Поволжье и на Урале, где ямская гоньба была особенно развита. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания ямщиков с похожими прозвищами, но сама фамилия, скорее всего, оформилась позже, уже в XIX веке, когда крестьянам и мещанам начали массово присваивать фамилии по прозвищам отцов.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ямов, Ямщиков, Ямской — показывает, что Ямушкин стоит особняком из-за уменьшительно-ласкательной формы. Такая модель (на -ушк-) характерна для прозвищ, которые давали не столько по профессии, сколько по бытовой черте или месту, причём с оттенком простонародной фамильярности. Версия о происхождении от имени Ям (редкое календарное имя, сокращение от Иаким) маловероятна: в святцах такого имени нет, а «ямушка» как производное от «ямы» встречается в источниках гораздо чаще.