Фамилия Ямушина — женская форма фамилии Ямушин, а та образована от прозвища или мирского имени Ямуша. В основе лежит диалектное слово «ямуша» — так в некоторых русских говорах называли ямщика, то есть человека, занимавшегося извозом, перевозкой грузов и людей на лошадях. Ямщики были важной частью дорожной инфраструктуры России, особенно до эпохи железных дорог, и прозвище могло закрепиться за тем, кто работал на ямской станции или владел лошадьми для перевозок.

Суффикс -ин в фамилии Ямушин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Ямуши. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я (как Птицын от Птица, Смирнов от Смирной). Иногда основу связывают с личным именем Яков, в народной форме Ямушка или Ямуша, но это менее вероятно: имя Яков давало фамилии Яковлев, Якушев, Яшин, а форма Ямуша для него нехарактерна.

Географически фамилия Ямушин встречается в Поволжье и на Урале — регионах, где ямская гоньба была развита особенно сильно. Встречается она и в украинских говорах, где «ямуша» могло означать «копатель ям» или «землекоп», но для русской фамилии первая версия с ямщиком выглядит убедительнее: ямское дело было массовым и дало много прозвищ.

Написание фамилии устойчиво: через «ю» после «я» (Ямушина), а не «Ямушна» или «Ямышина». Вариант с буквой «ы» во втором слоге (Ямышина) встречается как редкая орфографическая ошибка, но исторически корень связан с «ям» (почтовая станция), а не с «яма». Фамилия не относится к дворянским или купеческим — скорее всего, её носили крестьяне или мещане, чьи предки были заняты в извозе.