Фамилия Ямушев образована по самой распространённой в русской ономастике модели — с помощью суффикса -ев, который присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Ямуш. Это краткая, обиходная форма какого-либо полного имени. Скорее всего, перед нами производное от крестильного имени Еремей (древнееврейское «возвышенный Богом»). В народной речи имя Еремей сокращалось до Ерёма, а затем, через чередование звуков, могло дать форму Ямуш (переход «ё» в «я» в безударном положении и упрощение звукосочетания). Подобные трансформации нередки: от имени Еремей произошли фамилии Ерёмин, Ярёмин, Ярмош, Ямошков, и Ямушев стоит в этом же ряду.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем «ям» — почтовая станция на тракте. В этом случае Ямуш могло быть прозвищем ямщика или смотрителя такой станции. Однако против этой версии говорит то, что суффикс -уш в русских прозвищах и уменьшительных именах (Ванюш, Петруш, Ямуш) гораздо характернее для славянской модели, чем для тюркской. Кроме того, географически фамилия Ямушев встречается преимущественно в центральных регионах России, а не в Поволжье или Сибири, где ямская гоньба была особенно развита.

С точки зрения социального контекста, фамилия на -ев, образованная от полной или сокращённой формы крестильного имени, — типично крестьянская. Предки Ямушевых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию при переписях XVIII–XIX веков по имени или уличному прозвищу главы семьи. Никаких следов дворянского происхождения у этой фамилии нет.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ямуш» могло означать «расторопный, быстрый человек» — от глагола «ямить» (торопиться, спешить). Если это так, то прозвище дали не по имени, а по характеру. Но эта версия остаётся сугубо диалектной и локальной. Основной и самый надёжный путь происхождения фамилии Ямушев — от имени Еремей через народную форму Ямуш.