Фамилия Ямушов — редкий случай в русском ономастиконе, где за основу взято не имя, не профессия и не внешний признак, а, скорее всего, локальное прозвище, связанное с географией или диалектом. Разбирать её стоит не с корня, а с суффикса: -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель «чей?» — то есть Ямушов буквально означает «сын Ямуша». Вопрос упирается в то, что такое «Ямуш».

Самая правдоподобная версия связывает прозвище Ямуш со словом «яма». В северных и центральных говорах «ямуш» или «ямуха» могли называть человека, живущего в низине, в овраге, либо того, кто копал ямы — например, землекопа, рудокопа или даже могильщика. Учитывая, что фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале (в архивных записях XIX века по Оренбургской и Вятской губерниям), прозвище могло закрепиться за переселенцами, обустраивавшими землянки на новом месте — «ямуш» как «житель землянки».

Реже встречается версия о тюркском следе: в некоторых тюркских языках «ямуш» означает «тихий», «смирный». Но для фамилии с русским суффиксом -ов это скорее случайное созвучие, чем реальная этимология: если бы основа была заимствована, фамилия имела бы форму вроде Ямушев (с мягким знаком) или сохранила бы тюркский аффикс.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах фамилия иногда записывалась как Емушов — через «е», что указывает на акающее произношение (яканье) в говорах. Это лишний раз подтверждает, что основа — русское диалектное слово, а не книжное заимствование. Социальный состав носителей фамилии по переписям XIX века — почти исключительно государственные крестьяне, никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, Ямушов — фамилия-прозвище, возникшая в крестьянской среде на востоке Европейской России. Предок носителя, скорее всего, был человеком, связанным с земляными работами или жившим в углублении рельефа, и получил кличку Ямуш, которая со временем закрепилась за его потомками в виде официальной фамилии.